近年，国家税务总局先后有针对性地印发了一系列关于股权转让的税收征管法规，如《国家税务总局关于非居民企业所得税源泉扣缴有关问题的公告》(国家税务总局公告2017年第37号)等文件，对非居民企业股权转让中，收入和成本的确认、外币折算、负担税款、取消备案等方面作出了严格规定，给纳税人带来了更高的税法遵从风险。
收入确认的风险
股权转让收入指股权转让人转让股权所收取的“对价”，包含了货币和非货币，如何理解“对价”也许会成为税企双方争议的问题，而作为税务部门多倾向于考虑公允价值的概念。
根据《国家税务总局关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》(国税函〔2010〕79号)对于转让协议生效且完成股权变更手续是以工商登记日为准，还是以外经贸委的批准证书变更日期为准等具体问题并没有作进一步说明。一般理解，非居民企业转让我国居民企业股权，双方订立的股权转让合同需要取得外商投资企业注册批准证书后，再到工商部门办理工商登记。另外，结合《国家税务总局关于非居民企业股权转让适用特殊性税务处理有关问题的公告》(国家税务总局公告2013年第72号)有关备案的规定，似乎有将工商登记日作为最终完成股权变更手续的含义在里面。实践中，注意与税务主管部门沟通，规避收入时点确认的涉税风险。
另外，股权转让双方如有关联关系，且认定股权转让价格不符合独立交易原则，税务机关通常会结合境内居民企业的经营状况、发展前景、预期收益、净资产和留存收益等情况，评估企业整体价值。方法主要有市场法、成本法、收益法等，国家税务总局一般推荐的方法就是收益法。
成本确认的风险
国家税务总局公告2017年第37号文件列举了两项计税基础：(1)股权转让人投资入股时向中国居民企业实际支付的出资成本;(2)购买该项股权时向该股权的原转让人实际支付的股权受让成本。
按照字面理解，第(1)项“向中国居民企业实际支付的出资成本”更多适用于购买新股的情况，不过仍会产生歧义，既可解释为在境内外商独资企业中所占的注册资本份额(“WFOE注册资本占比”，Wholly Foreign Owned Enterprise)，也可以解释为其在开曼公司的初始投资成本(真实投资成本)。对于这一点，尚待界定。与之相比，第(2)项适用于购买老股的情况，股权净值即购买成本，比较好界定。
国家税务总局公告2017年第37号文件明确了非居民企业股权持有期间发生减值或增值时净值的确认。对于股权持有期间发生的减值或增值，且根据国务院财政、税务主管部门的规定作了损益确认税务处理的，对股权净值可以相应的调整，在计算股权转让所得应纳税所得额时，应按调整后的价值确认股权净值。即成本的确认，有变量的可能，存在金额不确定性的风险。
外币折算的风险
国家税务总局公告2017年第37号文件对扣缴义务人、财产转让所得分别规定了外币折算的方法。
一般理解“到期应支付之日”应该就是“年度纳税申报时”，但是在实务中对“年度纳税申报时”的具体日期一般会有两种理解：一是12月31日;二是企业第二年度进行上一年度企业所得税的具体申报日，预期在实务中税企双方会因这一具体日期又存争议。
显然，外币折算的时点，会影响到数值的计算，带来金额确认的风险。
负担税款的风险
国家税务总局公告2017年第37号文件第六条规定，“凡合同中约定由扣缴义务人实际承担应纳税款的，应将非居民企业取得的不含税所得换算为含税所得计算并解缴应扣税款”。企业所得税法规定，与纳税人实际经营无关的费用不可以税前扣除。
如：双方约定合同总额为100万元，税前扣除含税所得100万元，此时税务风险很小;约定合同总金额为90万元，税前扣除含税所得100万元，则有较大税务风险。
所以笔者认为，规避涉税风险的方法，可以在订立合同时，把合同的总金额设定为含税所得，尤其是间接转让境内股权的交易，如约定扣缴义务人实际承担间接转让税款，应将境外转让方取得的不含税所得换算为含税所得计算并解缴应扣间接转让税款。
所以，拟定合同时，含税价很重要，注意避免该风险，以免成本(费用)不能抵扣。
取消备案的风险
对于取消合同备案后企业不能提交材料的后果，国家税务总局公告2017年第37号文件未作出明确的规定。但参照《国家税务总局关于跨境应税行为免税备案等增值税问题的公告》(国家税务总局公告2017年第30号)、《国家税务总局关于发布〈营业税改征增值税跨境应税行为增值税免税管理办法(试行)〉的公告》(国家税务总局公告2016年第29号)等文件规定，如果企业在后续管理中不能按照要求提供资料，将可能同时承担补税和罚款的税法责任，需要做好涉税资料的备案、备查。
需要注意，国家税务总局公告2017年第37号文件取消的仅仅是合同备案的要求，对外支付备案则并未取消，根据《国家税务总局、国家外汇管理局关于服务贸易等项目对外支付税务备案有关问题的公告》(国家税务总局、国家外汇管理局公告2013年第40号)规定，在对外付汇时，如果付汇金额达到等值5万美元以上，仍须办理对外支付备案。