高新技术企业认定与研发费用加计扣除都涉及到研发费用的归集问题，两者由于归集口径不一存在着一定的差异。具体可从政策文件依据、研发费用的企业要求范围和研发费用的归集内容三个方面进行区分。
（一）政策文件的依据不同
1.1高新技术企业认定中的研发费用（列举如下）：
（1）《高新技术企业认定管理办法》（国科发火〔2016〕32号）；
（2）《高新技术企业认定管理工作指引》
1.2加计扣除中的研发费用（列举如下）：
（1）财政部 税务总局 科技部关于提高研究开发费用税前加计扣除比例的通知（财税〔2018〕99号）；
（2）国家税务总局关于研发费用税前加计扣除归集范围有关问题的公告（国家税务总局公告2017年第40号）；
（3）国家税务总局关于企业研究开发费用税前加计扣除政策有关问题的公告（国家税务总局公告2015年第97号）；
（二）研发费用的企业要求范围的不同
| 研发费用加计扣除政策 | 高新技术企业认定政策 |
适用行业 | 不适用税前加计扣除的行业： 1.烟草制造业 2.住宿和餐饮业 3.批发和零售业 4.房地产业 5.租赁和商务服务业 6.娱乐业 7.财政部和国家税务总局规定的其他行业 | 在《国家重点支持的高新技术领域》高新技术企业申报认定八大领域： 一、电子信息 二、生物与新医药 三、航空航天 四、新材料 五、高技术服务 六、新能源与节能 七、资源与环境 八、先进制造与自动化 |
（三）研发费用的内容的不同列举如下表：
项目 | 高新认定研发费用 | 研发费用加计扣除 |
人员人工费用 | 研发人员定义：企业科技人员，要求累计实际工作时间在183天以上。不包括职工福利费、补充养老和补充医疗保险。 | 直接从事研发活动人员。职工福利费、补充养老和补充医疗在其他相关费用加计扣除 |
经营租赁费 | 用于研发的固定资产租赁费均可归集，例如厂房。 | 只允许用于研发的仪器、设备租赁费。 |
调试费与实验费 | 包括装备调试费用，田间实施费 | 不包括 |
长期待摊费用 | 是指研发设施的改建、改装、装修和修理过程中发生的。 | 不包括 |
折旧费 | 用于研究开发活动的仪器、设备和在用建筑物的折旧费 | 不包括建筑物的折旧费 |
委托 研发 | 包括委托境内外研发 | 委托境外进行研发活动所发生的费用限额扣除；委托境外个人进行的研发活动不得扣除。 |
其他相关费用 | 不超过研究开发总费用的20%。包括通讯费 | 不得超过可加计扣除研发费用总额的10%。不包括通讯费。 |
以上是对高新技术企业认定中研发费用和研发费用加计扣除的不同之处进行的简要分析。基于高企认定中研发费用与加计扣除的研发费用归集的差异，企业在实务处理，归集研发费用台账的过程中，应熟悉掌握两者的政策及相关规定的差异，按照政策要求归集研发费用，合理利用税收优惠政策提前做好税务筹划，避免将两者混淆带来不必要的税务风险。