1、纳税人超过应纳税额缴纳的税款，纳税人自结算缴纳税款之日起三年内发现的，可以向税务机关要求退还多缴的税款并加算银行同期存款利息，税务机关及时查实后应当立即退还。
2、纳税人在项目完成清算后继续支付并取得合法、有效凭证的成本和费用，主管税务机关可根据实际情况重新调整扣除项目金额，但该调整应在项目全部销售完毕后进行。
3、主管税务机关出具土地增值税清算税款结论后，开发企业有下列情形之一的，需按规定向主管税务机关进行申报，经主管税务机关审核属实的，补充和完善税务机关清算结论，并按规定办理税款缴纳或退还手续：
（1）已清算完毕的开发项目又发生成本、费用的；
（2）纳税人取得清算时尚未取得的扣除项目相关凭证的；
（3）主管税务机关认为应调整清算结论的其他情况。
4、纳税人在项目完成清算后继续支付并取得合法有效凭证的成本和费用，主管税务机关可根据实际情况重新调整扣除项目金额，但原则上应在项目全部销售完毕时进行调整。
5、对于成片开发分期清算项目的公共配套设施费用，在先期清算时应按实际发生的费用进行分摊。对于后期清算时实际支付的公共配套设施费用分摊比例大于前期的金额时，允许在整体项目全部清算时，按照整体项目重新进行调整分摊。
6、清算时因未取得合法有效凭证，而未能认定的成本项目(简称未定成本项目)，清算后取得合法有效凭证的，应分房产类型归集"后续成本额"，可在计算当期清算后转让房产应纳税额时后续扣除，公式如下：
（1）单位建筑面积成本费用额=清算认定(或上期累计)"单位建筑面积成本费用额"+本期"后续成本额"÷清算可售建筑面积
（2）清算后转让扣除额=单位建筑面积成本费用额×本期转让面积+本期转让房产有关税金及附加
纳税人在清算申报时应对"未定成本项目"进行附加说明，主管税务机关在清算审核时一并核实确认，否则相关成本不予以后续扣除。
来源：中国会计网